⑴上海市自然人税收管理系统扣缴客户端是由国家税务总局统一开发的一款适用于上海市的自然人税收管理系统扣缴客户端，是在原税三期个人所得税扣缴系统升级而来，适用于个人所得税所得税代扣代缴申报。
⑵.“自然人税收管理系统扣缴客户端”（即原来的金税三期个人所得税扣缴系统是专门用于个人所得税代扣代缴申报的客户端软件。其中“自然人税收管理系统扣缴客户端完整安装包”适用于没有安装过本系统的电脑安装。“自然人税收管理系统扣缴客户端手工升级包”适用于安装了自然人税收管理系统扣缴客户端并且版本低于上述版本又无法自动完成在线升级的电脑进行升级安装。建议使用迅雷等下载工具下载。
⑶.“自然人税收管理系统扣缴客户端”建议安装在除C盘以外的硬盘，安装完后可以选择是否设置初次登录密码。
⑷.“自然人税收管理系统扣缴客户端”初次使用的设置为：纳税人识别号为统一社会信用代码，扣缴义务人名称为单位名称。如果统一社会信用代码证号或扣缴义务人名称不符，请联系主管税务机关获取。
⑸.“自然人税收管理系统扣缴客户端”中，单位员工离职的，在软件的“人员信息采集”中设置纳税人状态为“非正常”。
⑹.第一次申报，无默认的初始密码，需要自行设置。如果更换电脑或重新安装系统，申报密码为上次成功申报的密码。忘记申报密码的请到办税服务厅（金三税收管理系统-个人税收管理-申报-代扣代缴申报-个税代扣代缴申报密码发放进行重置。
⑺.“自然人税收管理系统扣缴客户端”具有扣缴税款功能。扣缴税款前需签约财税库银横向联网系统，如果没有签约，使用“自然人税收管理系统扣缴客户端”申报后，或者到办税大厅现金缴款。没有税款的，无需缴款。
⑻.“自然人税收管理系统扣缴客户端”有扣缴个人所得税报告表查询及打印功能。
⑼.扣缴义务人因更换电脑需重新安装系统的，请在“自然人税收管理系统扣缴客户端”的“系统设置”备份个税代扣代缴数据，之后将备份文件复制到新电脑恢复。
⑽.“自然人税收管理系统扣缴客户端”支持一台电脑申报多个公司的个人所得税，通过软件右上角“企业管理”菜单添加多个企业或多个扣缴单位切换申报。